进化

二、如何构建系统发生树

化石
形态
行为
生态
地理位置，一般来说地理距离与遗传距离成正比。

三、极性的确定

特征的一些状态，谁先谁后，即祖征还是衍征

• 1. 纵向对比法：化石资料
• 2. 横向对比法：外类群（out-group，比你研究的类群更加古老的类群）分析法
     假设外类群的特征状态较为古老

四、如何对待不同结果的树

质疑是驱动科学进步的动力，当发现不一样的结论的时候，应该去寻找证据，证明自己！

五、如何评价最简约树

1.用统计学方法检查
用的最多的是bootstrap方法，若70%以上的树都支持一种分支，则相对可靠，小于50%不可靠。
随机取矩阵，然后做树，计算

2.用多种方法构建系统发生树：
距离法，用聚类算法从数据中获得一棵树
简约法（parsimony）：路径越短，可能性越大
最大似然法
贝斯法

用一个最优标准（目标函数）来激素那和测量树与数据的配合，具有最优分值的树才是真实树的估计。

六、有根系统发生树告诉我们什么？

• 1. 所研究的生物类群是否来源于同一个祖先或是同一个祖先的所有的后代。
     单系类群：来自于同一祖先的后代
     并系类群：来自于同一最近祖先的后代，但不是全部后代（一般来说含有一个完整的支）
     多系类群：来自于不同最近祖先的后代
• 2. 物种形成的顺序

bar：
差异程度（距离）
分歧时间（时间）

• 4. 特征的起源及其生物学意义