保守位点计算

• 1. 佳琦推荐PAML，计算ds/da的值，必须同源直系基因，不清楚输出的是针对一个碱基的，还是针对一个基因的值，需要再看看。引用5284

查找保守基因
https://www.researchgate.net/post/What_is_the_best_way_to_see_how_conserved_a_gene_is_across_different_species

• 2. phast（冷泉港），可以计算每一个碱基的保守性得分
     2011年发表（PHAST and RPHAST: phylogenetic analysis with space/time models），引用262
• 3. GERP 北大的，具体做什么我还是没有很清楚。
     https://m.ensembl.org/info/genome/compara/conservation_and_constrained.html

CellOracle 可以不使用对应的ATACseq数据（sc或者bulk），可以使用sci-ATAC的数据（成年小鼠的多个组织）来做为参照。

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https://www.bbsmax.com/A/pRdBgqL2zn/

https://www.cnblogs.com/leezx/p/11995314.html