同源基因

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TransDecoder:fa

作用：从FASTA序列预测编码区（cds）

使用教程： https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/wiki

参考教程； https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/106/

输入：transriptome的fasta文件，输出cds预测文件包含fasta和pep文件

输入：
输出：cds的fasta文件

cds的pep文件：

命令

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2
3
## transfer transcriptome to coding sequence using transdecoder
TransDecoder.LongOrfs -t dd_Smed_v6.pcf.contigs.fasta
TransDecoder.Predict -t dd_Smed_v6.pcf.contigs.fasta

orthoFinder

同源基因预测

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/media/ggj/home/ggj/Documents/data/fei/Rpackage/OrthoFinder_source/orthofinder.py -f /media/ggj/NEW/DifferentiationForce/orth/human_smed/