1.理解什么叫做cell-free RNA
目的：确定cell-free RNA的组织来源
方法：1.使用TM的整体转录组来做反卷积；2.使用TM的单组织转录组图谱和人类蛋白图谱RNA共识来构建cell type signature scores.
Cell-free RNA (cfRNA)
文章思路:
使用图谱反卷积cell-free的RNA发现来自全身各个组织
利用支持向量对细胞型特异RNA进行反卷积回归，一种反褶积方法，以前应用于分解大量组织转录组部分细胞类型贡献。利用基因空间定义基矩阵使细胞类型的线性独立性最大化对于在TM中缺乏的细胞类型，那就是要利用HFP图谱来做一个补充
计算了各种细胞类型和病变细胞类型的差异基因
1.
同时检测核内的蛋白质水平和转录组水平，
量级：上千的核
确定组织中核蛋白的基因调控靶点是一项挑战。在这里，我们描述了转录组和表位的核内细胞标度(inCITE-seq)，这是一种可扩展的方法，可在数千个细胞核平行测量多重核内蛋白水平和转录组，从而实现转录因子(TF)水平和基因表达的体内联合分析。我们应用inCITE-seq来描述小鼠大脑中神经元活性在药理学诱导下的细胞状态相关变化。将基因表达建模为定量蛋白水平的线性组合，揭示了每个TF和已知基因靶标的全基因组关联。TF相关基因作为不同的模块共同表达，每个模块都反映了TF的阳性或阴性水平，这表明我们的方法可以解开相对推定的贡献。转录因子增加基因表达，增加推断基因网络的可解释性。inCITE-seq可以阐明核蛋白组合如何在天然组织环境中塑造基因表达，直接应用于固体或冷冻组织和临床。
核内检测的方式不受到细胞消化的影响。
使用dna偶联抗体在单细胞分辨率下联合测量表面蛋白水平和RNA的方法，如通过测序对转录组和表位进行细胞索引(CITE-seq)13和RNA表达及蛋白测序分析
(REAP-seq)14，最近适应细胞质蛋白靶点15 -19，已应用于循环免疫细胞20,21。然而，这些方法不太适合非免疫细胞和固体组织，因为解离破坏了细胞膜的完整性。
由于无所不在的非特异性结合，dna偶联抗体在细胞核内具有“粘性”。
这些研究表明，由于反应的异步性和动态穿梭，核定位在一起刺激的单个细胞之间可能会有所不同