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安装sam-algorithm的时候报错

RuntimeError: Could not find a llvm config binary

原因：llvmlite安装失败

解决：

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conda install -c numba llvmdev

pip install llvmlite -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

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Fuzzy c-means

c-means就是fuzzy c-means，一般简称是FCM。
FCM和K-means一样，在开始聚类前，要先确定cluster的个数。
与K-Means不同的是，FCM最后返回的是每个样本点属于某个聚类的概率。所以FCM是一种软聚类算法。有时候FCM也被叫做软K-Means。

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libreoffice 卡顿导致Ubuntu18桌面无响应

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#找到相关进程并且杀死进程，桌面即能回复正常。
ps -ef | grep libre 
kill -9 PID

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瘦身seurat object, scale.data巨大。

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pbmc@assays$RNA@scale.data<-new(Class = "matrix")

求sparse matrix的colSums

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summary(Matrix::colSums(pbmc@assays$RNA@counts>0))

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GWAS 和disease 相关

大部分疾病的GWAS位点位于基因组的non-coding区域，假设nocoding variants是通过在特异性细胞类型中改变转录调控元件来影响疾病的。
关于疾病研究的热点：Whereas innovative approaches to distinguish causal variants 69 from local variants in linkage disequilibrium (LD) using fine mapping (Wakefield, 2009), and to link 70 variants to target genes using co-accessibility of open chromatin regions in single cells (Pliner et al., 2018) or 3-dimensional chromosomal contact-based linkage scores (Nasser et al., 2020), have made important strides toward the prioritization of causal variants and the prediction of their 73 target genes, the annotation of candidate cis-regulatory elements (cCREs) in discrete human cell 74 types has posed a longstanding technical challenge.

关键词解析
causal variants
linkeage disequilibrium
fine mapping

Stromal cells frequently amplified a region containing cell-cycle
inhibitors Cdkn2a, Cdkn2b, and Cdkn2c, and frequently lost a
region contained Cdk13, which promotes cell cycling, and
Mapk9, loss of which promotes apoptosis. These genomic alterations
may reflect and contribute to stromal cell function.

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自学相关

R的community website

https://rweekly.org/ # 可以获取R的一些更新信息
https://rladies.org/ # 使用R的女性工作者网站

MIT 的公开课网站以及youtube的channel

https://ocw.mit.edu/courses/new-courses/
https://www.youtube.com/channel/UCEBb1b_L6zDS3xTUrIALZOw
https://ocw.mit.edu/courses/mathematics/

线代和概率论的学习课程

线代：18.06
https://ocw.mit.edu/courses/mathematics/18-06-linear-algebra-spring-2010/
线代的升级课程：18.065 Matrix Methods in Data Analysis, Signal Processing, and Machine Learning
https://ocw.mit.edu/courses/mathematics/18-065-matrix-methods-in-data-analysis-signal-processing-and-machine-learning-spring-2018/video-lectures/

概率论：课程6.041SC
https://www.youtube.com/playlist?list=PLUl4u3cNGP60A3XMwZ5sep719_nh95qOe
https://ocw.mit.edu/courses/electrical-engineering-and-computer-science/6-041sc-probabilistic-systems-analysis-and-applied-probability-fall-2013/

Mathematics for Computer Science

https://ocw.mit.edu/courses/electrical-engineering-and-computer-science/6-042j-mathematics-for-computer-science-fall-2010/video-lectures/

线性代数的教程网站，总结的很好。

https://blog.csdn.net/MyArrow/article/details/53365048

耶鲁大学公共课网址

https://oyc.yale.edu/

小鼠发育知识的汇总网站，还有胚胎纵切横切的切片图，有结构的具体标注。

https://www.emouseatlas.org/

工具网站

查看latex公式语法&图片识别公式：https://www.latexlive.com/##
Mathpix图片识别公式 https://mathpix.com/ocr

  1. Artstation.com 艺术作品集网站
    Behance.com
    Deviantart.com
    Dribbble.com
    Pixiv.com
    CGSociety.com
    ZbrushCentral.com

  2. Couchsurfing.com 成年壮汉使用的国内外寄宿旅行（单身女士和未成年慎重）

  3. Meetup.com 周末拓展网站

  4. Github.com/search?q=awesome 程序员网站+清单

  5. Pexels.com ；Pixabay.com； Unsplash.com 免费高清下载网站

  6. Colorhunt.com 寻找色彩网站

  7. Pinterest.com 图片分享网站

  8. 中国哲学电子化计划 ctext.org 中国古典元典书籍电子化网站
    类似网站： zdic.net 汉典

  9. Sci-hub.se (域名经常变动) 数以万记论文分享网站

  10. aisixiang.com 爱思想 喜欢阅读的朋友

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少数派 https://sspai.com/

科研相关网站

https://www.sciping.com/

科研学术导航
https://site.sciping.com/social.html

搜狗百科，专业词条知识
https://baike.sogou.com/kexue/

休闲娱乐

MVCAT 影猫 http://www.mvcat.com/ 全网资源丰富

书籍

https://bks.thefuture.top/

https://manybooks.net/

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names and values

“<-“
a<-c(1,2,3) # 建立一个value，并将name a指向它。

2.2.1 Non-syntactic names

2.3 Copy-on-modify

2.3.1 tracemem()

可以追踪vectors是否被复制，在循环的时候应该很好用。

2.3.2 Function calls

copy与否，取决于运算前后是否改变自变量。

2.3.3 Lists

list只是存储索引与object的元件，改变值，局部copy

2.3.4 Data frames

列：改变列值，只是部分列改变，局部copy
行：改变所有列值，全部copy

2.3.5 Character vectors

建立一个character pool，然后指向特定值。如果两个值一样，则存储位置一样。

2.4 Object size

使用 lobstr::obj_size() 来查看使用的memory，只看names
object_size也可以查看内存，values+ names

list 由于只是存储reference to values, 所以大小会比预期小。

对于1：10， 只存储首尾两个元素。

2.5 Modify-in-place

循环尽量使用list，避免使用dataframe，会导致每一次新复制都会复制values。

2.5.2 Environments

2.6 Unbinding and the garbage collector

使用gc()删除内存碎片，释放内存。

Vectors

3.2 Atomic vectors

原子向量：逻辑向量、整数向量、双精度向量和字符向量。

3.2.1 Scalars 标量

3.2.2 Making longer vectors with c()

3.2.3 Missing values

使用is.na()来代替==做判断

3.2.4 Testing and coercion

检验手段：is.logical(), is.integer(), is.double(), and is.character()

强迫顺序：character → double → integer → logical.

大部分的数学运算会强制为numeric

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x <- c(FALSE, FALSE, TRUE)
as.numeric(x)
#> [1] 0 0 1

3.3 Attributes

3.3.1 Getting and setting

attr(): 单独设置meta
attributes() ：批量查看meta
structure()：批量设置meta

3.3.2 Names

names(x) <- c(“a”, “b”, “c”)
setNames(1:3, c(“a”, “b”, “c”))

3.4 S3 atomic vectors

3.4.1 Factors

factor是一个integer变量，注意字符型操作的不适用

3.4.2 Dates

3.4.3 Date-times